Al siguiente torneo en el Torneo Clausura 2012 Liga de Ascenso volvió a clasificar a la Liguilla terminando en 3° lugar de la tabla general con 8 victorias, 3 empates & 3 derrotas con 27 puntos, en Cuartos de Final se enfrentaría a U. de G., en el partido de ida empataron a 1-1 en el Estadio Jalisco, en el partido de vuelta en Aguascalientes empataron a 0-0, y así dejando muchas dudas entre sus aficionados de su accionar en la liguilla, posteriormente se enfrentaría en Semifinales a Lobos BUAP, en Puebla en el partido de ida Lobos mató las esperanza de los rojiblancos perdiendo 3-0, en el partido de vuelta en el Victoria Necaxa solo pudo ganar 1-0 y con eso volvía a quedar eliminado y tenía que esperar un año más para aspirar a volver al máximo circuito, y con esto el entrenador Tita altamente criticado fue cesado de la dirección técnica.
